建设小汤山医院二部是北京市抗击‘非典’的重大举措。“非典”是一场突如其来的灾害，由于“非典”的传染性较强，综合性医院无法做到各类病人，特别是“非典”病人与其他病人之间的封闭与隔离。加之市民对“非典”疫情存在一定的恐惧心理，有的综合性医院收治“非典”病人后，影响了其他病人的就诊和治疗。为了保证“非典”病人和社会的整体安全，做到“早预防、早发现、早隔离、早治疗”。

北京的医疗系统承受了巨大的压力，面对抗击“非典”的严峻形势，采取强有力的措施，特别是建设专门治疗“非典”病人的医院，使“非典”病人有一个更为良好的医疗环境和更为专业的医疗服务，市委市政府决定建设一个高标准的应急医院，专门收治“非典”病人。

小汤山医院二部位于北京市昌平区小汤山镇东北部，原小汤山疗养院东北方向围墙外，南距市区(北四环)20公里，西距昌平区中心10公里，占地面积122亩，其中建设用地60亩，总建筑面2.5万平方米，可容纳1000张病床，是一所专门收治“非典”病人的临时传染病医院。

选择目前的地址建设小汤山医院二部主要是考虑到有以下四个有利条件：1、该用地为规划的小汤山疗养院预留发展用地，可以依托小汤山医院现有的基础设施尽快地完成医院

整个医院的配套设施包括接诊室、接诊专用通道、消毒系统、呼叫系统、吸引系统、氧气站、氧气输送管线、真空泵站、消毒洗车房、液化气供应站、冷热上下水系统、污水处理系统、化粪池、垃圾焚烧系统等。为了病人的休养和早日康复，院区内还要进行大面积的绿化、美化，所有病区周围均种植花草、苗木等，绿化面积达30%。

4月24日至30日，全体施工人员和现场施工人员、质量监督人员吃住在现场，仅用7天时间就完成了医院的基础工程和结构工程。

小汤山医院装备了较先进的医疗设备。由于整个院区内不同区域相互隔离，与外界也相对隔离，因此医院信息系统的建设尤其重要。医院建立了电话通信系统，安装了1000门电话1000部无线通信设备(小灵通)，保证每个病房与外界的联系畅通；建立了数据通信系统和计算机网络，安装了医疗信息处理软件，建立了电视系统，保证每个病房都能看到电视。