中国从１９９６年开始建立的长江三峡工程生态与环境监测系统如今已成为世界上监测内容、范围和规模最大的水电工程生态环境监测网络。 

三峡工程生态与环境监测系统是跨地区、跨部门、多学科、综合性、研究性的生态环境监测网络，直接为三峡工程服务。经过几年的发展，长江三峡工程生态与环境监测系统总体上运行正常，各专项监测或专题研究获得了大量的生态与环境监测数据，基本形成了三峡水库蓄水前的生态环境资料，为今后分析研究三峡工程对生态和环境的影响积累了重要历史资料。从１９９７年起，国务院三峡办通过国家环保总局向公众发布了７期长江三峡工程生态与环境监测公报。 

长江三峡工程生态与环境监测系统由１１个监测子系统，包括１５个监测重点站、４个监测实验站和其他专项监测组成，涵盖了水文水质、污染源、鱼类及水生生物、陆生动植物、农业生态环境、河口生态环境、人群健康、库区社会经济环境等诸多方面，监测范围以库区为重点，延及长江中下游与河口相关地区。 

国务院三峡办还启动了遥感监测，与现有的监测站网结合，实现点线面相结合的时空监测体系。监测系统主要作用是围绕三峡工程的建设和运行，及时发现可能引起的生态环境问题并提出减轻不利影响的措施，预测不良趋势并及时发布警报，为三峡工程建设过程中环境与资源管理以及领导部门决策提供科学依据，为三峡工程建成后进行环境影响回顾性评价积累完整数据。